Emilio Botín de Aguirre casó con Elena López Ceballos. Rafael con Francisca Sánchez de Porrúa. Matilde con José Cabañas. Margarita con Ramón Cañal Vegel. Ana con Marcos Gómez de la Torre.
La familia más conocida en la actualidad desciende en parte del matrimonio entre Emilio Botín de Aguirre con Elena López Ceballos. Fueron sus hijos José Botín (Teniente Coronel del Estado Mayor); Emilio Botín, casado con María Sainz de Sautuola (esta genealogía es la más conocida después de la llegada de Emilio Botín a la Presidencia del Banco de Santander en el año 1909); Elvira Botín casó con Pedro Ceballos, hijo de los Marqueses de Torrelavega; Elena Botín casó con Francisco Muñoz, Coronel retirado de Artillería.
El otro hermano barón de Emilio Botín de Aguirre, llamado Rafael, fue nombrado director gerente del Banco de Santander en 1895, el primero del apellido que llegó a un puesto de alta responsabilidad en la entidad. Casó, como queda dicho, con Francisca Sánchez de Porrúa, dejando por hijos a Rafael, Abogado, Alcalde de Santander, casado con Mercedes Pombo Labat; Francisco Botín, médico, casado con Trinidad Ruiz de Hoyos; y Ricardo Botín, Ingeniero de Minas, Alcalde de Cabezón de la Sal entre 1924 y 1927, casado con Resurrección Sánchez.
Antiguas referencias de personas con el apellido Botín hablan de un supuesto origen italiano. De esa nacionalidad fue Vicente Botín, marinero genovés cuyos bienes fueron decomisados al morir en Realejo, provincia de Nicaragua en el año 1661.
También en el siglo XVII encontramos a Francisco de la Torre, criado, natural y vecino de Madrid, hijo de Domingo Botín e Isabel de la Torre. José Botín, esposo de Isabel Suárez Valdovinos fue heredero de Hernán Rodríguez, calafate sevillano difunto en Veracruz.
